Conflits avec Théodose

Père Théodose avait fondé une communauté de Sœurs de la Charité qui  consacraient leur apostolat aux œuvres caritatives. Il voulait ajouter cette nouvelle branche à la fondation des Sœurs Enseignantes et en faire un seul Institut. Mère Bernarda était convaincue que les deux missions étaient trop différentes pour être unies.
Mais ce n’est que lorsque les évêques de Bâle et de Coire se prononcèrent contre l’unification des deux Instituts,  que Père Théodose  s’abstint de réaliser ce projet.